有媒体质疑cos操作系统徒有虚名。中国台湾的宏达国际即HTC的工程师参与了大量的研发工作，COS不但打上了HTC的印记，其本质也不过是高仿Android的一款订制，并无太多创新可言。
中科院回应称，COS系统基于Linux内核开发，除了少数东西，几乎都是自己开发的。近千万的代码可以作为自主知识产权。上海联彤公司称，COS跟HTC没有任何关系。
不过，这么一款“高大上”的COS，发布后，竟然没有提供任何的下载渠道，人们想一睹真容，只能借助中央电视台的报道画面。作为一家“中科院牵头，集IT产业、手机产业巨头力量于一体的大型企业，以研发、运营中国自主知识产权智能终端操作系统为己任”、颇有理想的移动互联网公司，上海联彤尚没有官方网站。
其实自主操作系统并不是什么新鲜事。几周前，深圳同洲电子推出了自主960手机操作系统，阿里巴巴也曾推出过争议颇多的阿里云OS。除了苹果iOS外，为何大多数有实力的手机公司都选择了基于Android的订制？在现有的技术条件下，制作一款操作系统并不是难事，难的是形成完整的生态系统，有没有大量的应用开发公司来开发应用。实力雄厚的微软开发了WP系统后，到现在也不过二十万个应用，与之形成对比的是，Android和iOS两大平台应用数均已超过100万个。
在手机市场，赚不到钱的系统就是摆设，更何况打着自主旗号其实“借鉴”颇多的系统。问题还在于，为什么舆论对同洲960操作系统和阿里云OS就不那么苛刻而相对宽容呢？因为这些是民营企业自主决策，仅需要对公司股东做出说明。但COS操作系统则不一样，中科院的经费来自国家拨款。COS系统的详细研发费用需要公开，同样，其决策过程也需要公开，纳税人有权利知道这笔钱是谁拍的板，流向了何方，并且需要评估这笔钱到底花得值不值。
打着自主、国产旗号并不能让COS免问责。长久以来，在科技领域，多个花费国家公款的“自主知识产权”被证明不过是套取国家项目资金的手段而已。上海交大的“汉芯”事件，所谓的中国自主研发的芯片不过是将摩托罗拉芯片上的商标打磨掉；另一个打着“自主知识产权”旗号花费8000万元的麒麟操作系统，贵为863计划重大攻关科研项目，最终被发现涉嫌抄袭和造假，撤下了“独立研发”的牌子。
